Både aber og aber hører til familien af primater, hvilket betyder, at de deler fælles træk med andre primater, såsom fremadvendte øjne, meget fleksible lemmer (arme og ben) og fingerige fingre. Mennesker er primater. Aper og aber deler forvirrende ligheder indbefatter deres ansigtsegenskaber og en tilstedeværelse af kort, tæt hår der dækker hele kroppen, bortset fra ansigtet.
Der er dog betydelige forskelle, der skelner apen fra aben, når mere indviklede fysiske egenskaber og deres opfattede mentale evner vurderes.
Tilstedeværelse eller fravær af en hale
Den mest forskelligartede fysiske forskel mellem apen og aben er tilstedeværelsen af en hale. Mens de fleste abearter har lange fleksible haler på dem, har apenfamilien ingen synlig hale.
Skeletstruktur og bevægelser
Andre fysiske forskelle er genkendelige fra deres krops- og skeletstrukturer. Apen har en større kropsstruktur end de fleste aberarter og antager en mere opretstående kropsholdning, selvom den har tendens til at bruge sine knogler til at understøtte sin vægt, mens den bevæger sig på jorden. Aksens struktur er derimod dannet i en typisk quadrupedal stilling, som ligner andre firefodede dyr som katte og hunde, og de bevæger sig på alle fire på samme måde. Apens øvre lemmer er længere end de nederste, med skuldre, som er synlige stærke og fleksible. Apenens arme strækker sig helt ud i albuen, og håndledene og underarmene kan opnå en bred vifte af bevægelser.
Apene har på den anden side mindre smalle skuldre. I modsætning til deres ape-modstykker kan aberens arme ikke rette sig helt ud i albuen, og de har begrænset bevægelse af håndledets underarm. Disse krops- og skeletvariationer bestemmer deres lokomotivsystemer, og hvor forskelligt de bevæger sig om, især i træer, hvor de for det meste lever. Mens aber kan svinge fra gren til gren, understøttet af deres overkropsstyrke og lettet af deres fleksible skuldre, forben og dexterøse håndled, kan aber ikke svinge på denne måde. I stedet har aber tendens til at løbe langs grenens toppe ved at hoppe, snarere end at svinge. Apen bruger alle sine fire til at hænge på grene, assisteret af halen, som også hjælper med balance.
Hjernestørrelse og livsspænding
Videnskabelige studier har købt andre talrige fakta, som adskiller apen fra aben. For eksempel er hjernestørrelsen af en ape større end den af aben. Aper lever også dobbelt så længe som aber gør, når op til 60 år.
Intellektuelle evner
Hvad angår intellektuelle evner opfattes der aber for at være overlegen for aber, der udviser højere kognitive færdigheder og et mere komplekst socialt adfærdsmæssigt system. Et klart eksempel på denne kognitive forskel er observeret i apen evne til at lave og bruge værktøjer til nød-krakning, jagt og leg. Et sådant potentiale er ikke set hos aber. Faktisk placerer videnskabelige teorier, der understøtter evolution, apen meget højere op på den evolutionære skala end aben på grund af apen er tættere sammenligning med den menneskelige art.
