Syrien har været i en borgerkrig i en årrække. Som følge heraf er der to regeringer, der hævder at være landets retmæssige ledelse. En af regeringerne er den ene af Baath-partiet med Bashar al-Assad til roret, mens den anden styres af den syriske nationale koalition. Den tidligere regering anvender De Forenede Arabiske Republiks flag, mens sidstnævnte bruger uafhængighedsflagget.
Flag brugt af den etablerede regering
Dette flag blev først brugt i Syrien i 1958 indtil 1961, da det blev kasseret. Derefter brugte nationen det igen fra 1980 til i dag. Der har været flere variationer af designet, men der er tre farver, der altid er til stede: rød, hvid og sort. Dette flag er også blevet brugt i en række arabiske stater som Sudan og Egypten. På trods af at Syrien ikke er medlem af den Arabiske Union, bruger nationen stadig flag til at bekræfte sin forpligtelse til enhed i den arabiske verden. Det nuværende flag har været genstand for tvist, fordi det ses at repræsentere det uønskede regime for Bashar al-Assad og Ba'ath-partiet.
Flagens design har tre bånd af rød, hvid og sort henholdsvis fra top til bund. Alle tre bånd er af samme bredde. Det midterste hvide bånd har to grønne stjerner med hver stjerne, der bærer fem vinkler. Flagens bredde er to tredjedele af flagmets samlede længde. Designet er en lille variation af det arabiske befrielses flag, som havde den ekstra grønne farve. De fire farver på flagmet er symbolske for de fire store imperier i den arabiske verden.
Den røde farve repræsenterer det hashemitiske dynasti og blodet, der blev spildt under frihedskampen. Den hvide farve er til Umayyad-dynastiet og repræsenterer også fremtiden som en lys og fredelig udsigt. Fatimid-dynastiet er repræsenteret af den grønne farve. Den grønne repræsenterer også stjernerne for Syrien og Egypten. Det abbasidiske dynasti og undertrykkelse er repræsenteret af den sorte farve.
Flag anvendt af oppositionen
På grund af den fortsatte borgerkrig i Syrien besluttede oppositionen at bruge en lille variation af det design, som blev brugt af Syrien efter at have opnået uafhængighed fra Frankrig. Det modificerede design blev populært blandt oppositionen i de senere stadier af 2011. Siden da har oppositionen brugt flaget som et symbol på åben modvilje mod undertrykkelsen fremsat af den etablerede regering. Flagmet er kommet for at repræsentere den uafhængighed og frihed, som Syrians folk vil få fra undertrykkelsen.
Med hensyn til design har flagget de samme fire farver som før, nemlig rød, hvid, grøn og sort. Flagget har tre bands, hvor det øverste bånd er grønt, mens bunden er sort. Mellembåndet er hvidt og har tre røde stjerner, hver med fem point også. Den grønne repræsenterede Rashidun, Umayyaderne repræsenteret af den hvide, og Abbasiderne repræsenteret af den sorte farve. De tre røde stjerner repræsenterer tre store regioner i Syrien.