
Skildpadder er ingen undtagelse for de tusinder af dyre- og plantearter, hvis overlevelse er truet af menneskelige aktiviteter. Hvis ikke gemt i tide, kan flere skildpaddsarter uddøde i nær fremtid. Her er en liste over de kritisk truede arter af skildpadder.
9. Angonoka Skildpadde

Den Madagaskar Skilpadde eller Astrochelys yniphora er en meget truet skildpaddeart, der er endemisk for Madagaskar. I landet forekommer arten i Baly Bay-områdets tørre skove. Der er omkring 440 til 770 individer af de arter, der overlever i naturen, og antallet falder hurtigt. Det vurderes, at hvis den drastiske nedgang i populationen af denne art ikke kontrolleres, vil Angonoka-skildpadden snart uddøbe. Brande lyser med vilje til at rydde træer til kvæg græsning ødelægger store dele af Angonoka skildpaddenes levested. Indfangningen af arten til ulovlig kæledyrshandel og prædation af buskigten er de andre store trusler mod artens overlevelse.
8. Radiated Tortoise

Betragtes som en af verdens smukkeste skildpadder, den Astrochelys radiata er indfødt i det sydlige Madagaskar, men findes også i andre dele af landet og i Mauritius og Réunion, hvor det er blevet introduceret. Arten har en lang levetid på næsten to århundreder. Desværre er naturens gave af et langt liv til denne art blevet formindsket af mennesker, som uden forskel jager, dræber og fanger udstrålede skildpadder til kommercielle formål. Store antal af denne art er fanget for ulovlig kæledyrshandel. Skønt skildpadden er beskyttet ved lov i Madagaskar, opmuntrer høje niveauer af fattigdom i landet til at forkaste arten.
7. Burmese Star Tortoise

Det Geochelone platynota er også en kritisk truet skildpaddeart. Denne art findes i Myanmars tørre, løvfældende skove. Desværre er arten udsat for udryddelse. Det forbruges som mad af både den indfødte burmesiske og handles også til Kina til forbrug. En nylig søgning foretaget af uddannet personale og hunde i habitat for arten i Myanmar for 400 timer fandt kun fire individer af arten. Der er gjort en indsats for at opdrætte arten i fangenskab, men det er en vanskelig proces med en lav succesrate.
6. Española Giant Tortoise
Det Chelonoidis hoodensis er en kritisk truet gigantisk skildpaddeart, der findes i Española-øen på Galapagosøernes øhav. Kun 14 voksne af arten blev fundet i naturen i 1960'erne og blev fanget til fangenskab for at redde arten fra udryddelse. Efter frigivelsen af de opdrættede voksne i naturen steg befolkningen gradvist til omkring 770 til 864 skildpadder i 2007. Historisk set var skildpadderne overudnyttet til menneskeføde. Også ødelæggelsen af habitat ved overgravning af den indførte art udtømte befolkningen i Española-gigantiske skildpadden yderligere.
5. Geometrisk Skildpadde

Det Psammobates geometricus findes i et meget begrænset område i Sydafrikas Sydvestlige Kap. Skønt en nøjagtig estimering af artens population mangler, anslår det, at der er omkring 2,000 til 3,000 individer af de arter, der lever i dag. På grund af sin kritisk truede bevaringsstatus er den geometriske skildpadde beskyttet mod poaching under international lov. Arten afhænger af indfødte planter til sin kost, og dermed ødelægger habitatets ødelæggelse en meget negativ indvirkning på dens overlevelse. Den hurtige vækst af ikke-oprindelige planter udtømmer også den naturlige vegetation af skildpaddenes levested. Dette påvirker igen dyrearten af arten.
4. Spider Tortoise

Det Pyxis arachnoides er endemisk til madagaskar. Denne kritisk truede art havde meget få overlevende individer. Selv om historiens rækkevidde var stor, er den i øjeblikket begrænset til kun sydvestlige Madagaskar. Edderkopskildpadden dræbes eller fanges for at blive solgt til sit kød, andre kropsdele eller smugles som eksotiske kæledyr.
3. Santiago Giant Tortoise
Det Chelonoidis darwini i Santiago-øen i Ecuador's Galapagos Islands øhav. Øen har et samlet areal på 585 kvadratkilometer. Skønt befolkningerne forud for ankomsten af mennesker i regionen blev anslået at ligge i tusinder, er befolkningen i øjeblikket ekstremt lille, om nogle få hundrede til tusind. Arten blev jaget ned til næsten udryddelse af kolonister og søfolk i fortiden. I øjeblikket er samlingen af æg og de indførte plante- og dyrepopulationer store trusler mod eksistensen af arten.
2. Flat-backed Spider Tortoise

Det Pyxis planicauda er også en af de mest truede arter af skildpadder, der lever i verden i dag. Det er endemisk til Madagaskars vestkyst, hvor den bor i det meget begrænsede område mellem de to floder Tsiribihina og Monrondava. På grund af dets begrænsede rækkevidde har arten umiddelbar trussel mod habitattab. Afskovning, rydning af jord til græsning eller landbrug, minedrift, olieudforskning mv. Er nogle af de aktiviteter, der ødelægger den fladskildpadde. Et stort antal af disse skildpadder fanges til kæledyrshandelen.
1. Kleinmanns skildpadde

Også omtalt som den egyptiske skildpadde, den Testudo kleinmanni er en nekskydning skildpadde arter. Det historiske område af denne art sprang langs Middelhavets kyststrimmel for en afstand på omkring 90 til 120 km og udvidet ind i Libyen. For tiden er arten næsten uddød fra Egypten, og der findes små befolkninger i Libyen. Skildpadden er ikke kun jaget lokalt til folkemedicinske præparater, men er også fanget for ulovlig kæledyrshandel. Tab af levesteder er en stor trussel mod artens overlevelse.